Die Stadt Wörth am Main ist seit dem 13. Jahrhundert als Schifferstadt bekannt. Mit der Eröffnung des Museums im Jahr 1991 hat die Stadt die St. Wolfgangskirche, die bereits 1903 profaniert und lange Zeit dem Verfall überlassen war, einer sinnvollen Nutzung zugeführt. Der Zugang zu den ebenerdigen Ausstellungsflächen und dem Medienraum ist barrierefrei gestaltet, und die Exponate auf der ersten Empore sind über einen Aufzug erreichbar. Die zweite Empore ist leider nicht barrierefrei zugänglich.
Die im Museum integrierten Einbauten bilden einen gelungenen Kontrast zum steinernen Kirchenbau. Der Charakter des ehemaligen Kirchenraumes mit dem zweigeschossigen Emporeneinbau bleibt weitgehend erhalten. Stege, Treppen und andere Konstruktionen, alle in leichter und lichtdurchlässiger Stahlbauweise gehalten, nehmen Bezug auf die technischen Besonderheiten der Schiffsarchitektur. Im Kirchenschiff werden auf drei Ebenen zahlreiche maßstabsgetreue Modelle, Werkzeuge, Geräte, Dokumente und Bilder präsentiert, während auf der Freifläche im Museumshof verschiedene originale Schiffsteile ausgestellt sind. Die Ausstellung verdeutlicht die Bedeutung des Mains als Verkehrsweg, erläutert den Auftrag und die Entwicklung der Mainschifffahrt und bietet Einblicke in die Geschichte und Technik des Schiffbaus.
Mehrere Filme informieren die Besucher über die Binnenschifffahrt, den Schiffbau und die Flößerei. Thematisiert werden Flüsse, Kanäle, Häfen, Werften und Schleusen. Die Beiträge berichten vom Alltag der Binnenschiffer, beschreiben das Leben der Menschen an den Ufern der Gewässer, beleuchten die Hochwassersituation in Wörth und thematisieren die wirtschaftliche Bedeutung und den kulturellen Wert unserer Flüsse und deren Landschaften bis zurück in die Römerzeit. Besucher können die gewünschten Beiträge auf einem Großbildschirm anschauen.